Jabatan Mikrobiologi Perubatan Hospital Sultan Abdul Aziz Shah (HSAAS) berperanan menyediakan perkhidmatan makmal diagnostik terhadap spesimen klinikal yang diterima daripada klinik/wad di Hospital Sultan Abdul Aziz Shah (HSAAS).
Jabatan Mikrobiologi Perubatan mempunyai sebuah Makmal Mikrobiologi yang terdiri daripada 8 seksyen iaitu: